Обстоятельства детства Иоанна известны нам только по рассказу Луки, который повествует о его родителях, о посещении Марией Елизаветы, а также о том, что Иоанн «был в пустынях до дня явления своего Израилю» (Лк.1:80). В Евангелии Матфея упоминается, что отец Иоанна, Захария, был убит «между храмом и жертвенником» слугами Ирода (Мф.23:35). В соответствии с преданием, воины Ирода, избивавшие младенцев, расправились с Захарией за то, что он отказался сообщить, где укрыт его сын. Свою проповедь Иоанн начал в 28 или в 29 году н.э. («в пятнадцатый год правления Тиберия кесаря» - Лк.3:1). Проповедь Иоанна выражала гнев Божий на грешников и призывы к раскаянию, а также эсхатологическую весть. ). В числе прочих преступлений против праведности Иоанн обличал тетрарха Галилеи Ирода Антипу, который отнял у своего брата Филиппа жену (и одновременно племянницу обоих) Иродиаду и женился на ней, грубо нарушив еврейский обычай. За это тетрарх заключил Иоанна в тюрьму, но не решался казнить его по причине популярности проповедника (Мф.14:3-5, Мк.6:17-20). В соответствии с евангельским рассказом Иоанн был казнён Иродом по просьбе дочери Иродиады, которой правитель неразумно обещал исполнить любое желание. Тело Иоанна было погребено его учениками, а о смерти сообщили Иисусу (Мф.14:6-12, Мк.6:21-29). Точная дата смерти Иоанна не известна. Поскольку Евангелия сообщают, что приговор был вынесен после танца Саломеи на дне рождения отчима, теоретически возможно было бы установить приблизительный день и месяц. Но, к сожалению, дата рождения Ирода Антипы неизвестна. Свидетельство о жизни, учении и казни Иоанна содержится также в «Иудейских древностях» Иосифа Флавия (5-ая глава 18-ой книги). Древняя традиция локализует место погребения обезглавленного тела Иоанна в Севастии (Самария) рядом с могилой пророка Елисея. Руфинус из Аквилы в 378 г. сообщил, что по требованию Юлиана Отступника в 362 году язычники из Севастии разгромили гробницу Крестителя, сожгли его останки и развеяли пепел. Тем не менее реликвии, связанные с Иоанном, весьма многочисленны. Встречаются следующие цифры: 12 голов, 7 челюстей, 4 плеча, 9 рук и 8 пальцев.

По мнению богословов еврейский народ около 30 года н.э. почитал Иоанна гораздо выше Христа. Иоанн всю свою жизнь проводил в пустыне, был сыном священника, носил необычайную одежду, призывал всех ко крещению и, более того, родился от неплодной матери. Иисус же произошёл от незнатной девушки (рождение от Девы, предсказанное пророками, не было ещё всем известно), воспитывался в обычном доме и носил обычную одежду. Иисус, пришедший креститься к Иоанну, воспринимался современниками как простой человек, поэтому Иоанн Златоуст пишет: Вот почему, чтобы такая мысль не утвердилась в народе, тотчас по крещении Иисуса небеса открываются, Дух нисходит и вместе с Духом голос, возвещающий достоинство Иисуса как Единородного.

Иоанн не пил вина и пьянящих напитков (Лк.1:15), что может свидетельствовать о его назорействе; однако других обязательных признаков назорейского обета, например, отращивания длинных волос (Чис.6:4), Евангелия не упоминают. Предпринимались попытки провести параллели между Иоанном и ессеями. Однако, при определённом сходстве между ними есть ряд существенных противоречий. Так, например, Иоанн подчёркивал разделение людей на праведников и грешников, но, в отличие от ессеев, считал, что грешники могут спастись через раскаяние. Кроме того, в отличие от ессеев, Иоанн не настаивал на необходимости общего имущества, не ограничивал круг посвящённых и предлагал очищение каждому еврею, желавшему того. Вдобавок, в отличие от ессеев, он не требовал от людей передать всё их состояние в общую кассу, стать членом религиозной секты, а также отказаться от привычного образа жизни - его интересовало только духовное просветление.

Иоанново крещение покаяния имело параллели в иудейском обиходе той эпохи. Во-первых, упоминают о существовании подобного обряда у обычных правоверных иудеев. Омовение проводилось в специальном религиозном бассейне - «микве». Подобные бассейны для ритуального очищения устраивались в каждом зажиточном доме предшествующего периода. Особенно много их было в Иерусалиме. В особо тяжёлых случаях ритуальной нечистоты все евреи должны были пройти очищение в проточной воде реки. Этот иудейский обряд называется твила, от этого слова образовано еврейское прозвище Иоанна Хаматвил («совершающий ритуальное очищение водой»), которое было переведено греческими авторами Евангелий как «Креститель».

Его последователи образовали особую общину, соблюдали посты (Мк.2:18; Лк.5:33) и имели особые молитвы (Лк.11:1). Некоторые ученики Иоанна после его казни не сразу влились в ряды ранних христиан, а долгое время сохраняли специфику своей общины. Считается, что в последующие века наследие верований последователей Иоанна, так и не вошедших в Христианскую Церковь, можно проследить в представлениях секты мандеев - еретического течения, возникшего в I веке и до сих пор сохраняющегося в Ираке и Иране. Мандеи почитают Иоанна под именем Йахья и (очевидно, как и первые ученики Крестителя) признают его Мессией, то есть Иисус Христос, по их представлениям - самозванец. О том, что некоторые современники Иоанна Крестителя воспринимали его как Мессию, свидетельствуют и Евангелия (Ин.1:19-20).

Иоанн стоит на рубеже Ветхого и Нового Заветов, и этим, в соответствии с христианским пониманием, определяется его величие и одновременно ограниченность этого величия. По выражению одной церковной молитвы, пророк Иоанн был «светлой утренней звездой, которая своим блеском превосходила сияние всех других звезд и предвещала утро благодатного дня, освещаемого духовным Солнцем Христом».