Церковь святого Михаила по праву считалась старейшей лютеранской церковью на территории Российской империи. Как и в Петропавловском храме, основу Михайловского прихода составляли выходцы из Прибалтики и германские подданные. Прихожанами храма являлись также члены московской шведской колонии, датчане и финны, проживающие в городе. Достоянием Михайловской церкви было множество церковных памятников, являвшихся летописью евангелических общин Москвы, разнообразная утварь - серебряные чаши конца XVIII - начала XIX веков, двухъярусное паникадило с гербом 1685 года, красивые металлические люстры, сундуки XVIII века и т.д. На стенах древней кирхи висели картины с изображением Лютера, пасторов Дитриха и Заверса. Церковная библиотека насчитывала более 3,5 тысяч книг. В храмовый комплекс входили трехэтажное здание мужского реального училища, лазарет и часовня.

История отпустила Михайловскому храму лишь десять лет жизни после революции. Несчастьем стало то, что рядом с кирхой обосновался Центральный аэродинамический государственный институт (ЦАГИ). Несмотря на то, что еще в 1925 году община пошла на уступки этой организации, институт стал настаивать на полной ликвидации церкви. Цель была вполне прозаической - завладеть церковной территорией. В январе 1928 года по ходатайству института Моссовет постановил закрыть церковь как “находящуюся на территории ЦАГИ” и мешавшую “надлежащим образом организовать охрану, так как хождение в церковь сопряжено с прохождением по территории ЦАГИ, что создает угрозу диверсии и шпионажа”. Почти одновременно, 29 марта 1928 года помощник директора ЦАГИ Южный и заведующий секретной части Рупай отправили во ВЦИК СССР Смидовичу срочную секретную депешу, в которой просили вывести лютеранскую церковь с территории ЦАГИ.

Верующие пытались активно бороться. Они отправили во ВЦИК несколько писем с сотнями подписей, содержащих настоятельные просьбы не закрывать храм. Председатель Высшего Церковного Совета епископ Мейер писал во ВЦИК: “Михайловская церковь, старейший лютеранский храм в нашем государстве, имеет для всех немцев-лютеран выдающееся историческое значение, и закрытие этой церкви явилось бы сильным нравственным ударом для всех немцев-лютеран СССР”. Все было напрасно, Президиум ВЦИК решением от 7 мая 1928 года отдал храм в распоряжение ЦАГИ, который вскоре и смёл древний памятник с лица земли.

Перед закрытием храма часть его ценностей была передана в один из центральных музеев Москвы. В июле - августе 1928 года музейные работники приняли, как следует из описи, “6 паникадил XVII века, изразцовую печь XVII века, 6 подсвечников, 20 бра XIX века, 1 старинную кованую дверь, 3 креста, 1 знамя рода Брюсов” и многое другое. Из храма было вывезено также 127 единиц упаковок архивных материалов.

Прихожане с остатками богослужебной утвари и оборудования алтаря перебрались в здание реформатской церкви, которое им было выделено на правах соаренды. Туда же были перенесены и портреты известных пасторов и членов церковного совета, а также церковные часы.