Новая страница в жизни нашей общины открылась в 1990-1991 гг., после того, как в 1988 году вновь конституировалась Евангелическо- Лютеранская Церковь во главе с епископом Харальдом Калниньшем (Евангелическо-Лютеранская Церковь никогда не закрывалась по постановлению правительства, но вследствие репрессий фактически прекратила существование к концу 1938 г.). В мае 1991 года инициативная группа подала документы на регистрацию в Управление юстиции Моссовета, а уже 7 июня того же года община получила свидетельство о регистрации. Студия «Диафильм», которая на тот момент распоряжалась всем комплексом зданий, была готова предоставить помещение для совершения богослужений. 4 сентября 1991 г. епископ Калниньш и пастор Штефан Редер (впоследствии ректор Теологической семинарии) совершили первое богослужение в просмотровом зале студии, находившемся на месте нынешних органных хоров. С этого времени богослужения совершались каждое воскресенье, а в 1992 г. в общине появился первый постоянный пастор - Гуннар фон Шлиппе.

В мае 1992 года общине было передано входящее в соборный комплекс здание капеллы, приспособленное для нужд расположившихся в ней мастерских студии «Диафильм». Освобождение помещения от межэтажного перекрытия и восстановительные работы, начавшиеся в октябре того же года, проводила фирма «Стромас», которой помогали две бригады добровольцев из США. Капелла была освящена на Пасху 1993 г., строительные работы в ней были окончательно завершены в октябре того же года. Регулярные воскресные богослужения в капеллле совершались вплоть до осени 1998 г.

В июле 1992 г. постановлением Правительства Москвы общине было передано здание собора, затем в несколько этапов ещё несколько зданий комплекса. Однако, возникли проблемы с отселением «Диафльма», которые удалось разрешить только к середине 1997 г. Одновременно с этим как среди наших прихожан, так и среди единоверцев в Европе собирались средства, которые позволили ближе к концу того же года начать восстановительные работы в алтарной части собора, где был оборудован церковный зал на 200 мест, освящённый в первое воскресенье октября 1998 г. В этом зале богослужения проходили вплоть до лета 2004 года.

Из-за отсутствия средств казалось невозможно даже подумать о восстановлении собора в первоначальном состоянии. Тем не менее, были проведены предреставрационные работы по демонтажу оставшихся после «Диафильма» коммуникаций. При поддержке правительства Москвы была смонтирована новая электроподстанция, заменены утеплительный слой сводов и кровля, на основании старых фотографий восстановлен западный фасад с главным входом и готическое окно-роза.

В 2004 г. ситуация изменилась. После долгих усилий удалось найти спонсоров как среди частных лиц, так и среди организаций. Это дало возможность летом указанного года приступить к масштабным работам по восстановлению собора в его историческом облике, учитывая при этом современные технические требования. На период проведения работ общине пришлось вернуться в помещение капеллы. Многие прихожане не верили в возможность реставрации, но было много и тех, кто понимал, что временные неудобства - ничто по сравнению с конечным результатом. За период с 2004 по 2008 год зал был освобождён от перекрытий и перегородок, реставрированы потолок, стены и сильно повреждённые колонны. Восстановлена разрушенная «Диафильмом» галерея, опоясывающая зал по периметру, изготовлены новые и отреставрированы сохранившиеся двери, смонтированы теплые полы под новым мраморным покрытием, смонтирован отреставрированный орган, в окнах алтарной части появились витражи, установлены дубовые скамьи. Кроме того были проведены очень масштабные (хотя и не бросающиеся в глаза) так называемые «скрытые» работы по восстановлению и гидроизоляции подвалов, монтажу систем отопления и вентиляции, электрооборудования. Значительные изменения претерпела и окружающая собор территория. Во дворе были сняты многолетние наслоения асфальта, вследствие чего его уровень опустился почти до уровня 1905 года.

18 декабря 2005 г., в день столетия со дня первого освящения, епископ Зигфрид Шпрингер совершил повторное освящение престола. 30 ноября 2008 года, в 1-е воскресенье Адвента, во время торжественного богослужения состоялось освящение cобора. В январе 2010 года был полностью восстановлен шпиль, высота которого составила 62 метра.

Во второй половине 2010 г. епископ Эдмунд Ратц ушёл в отставку, после чего архиепископ Август Крузе назначил епископским визитатором Европейской части России 28-летнего Дитриха Брауэра, который взял курс на конфликт и полную смену общинного духовенства. По ложному обвинению были отстранены от служения оба пастора общины. Приход не согласился с этим решением и выразил Д.Брауэру недоверие, после чего был исключён из состава ELKRAS спешно созванным Синодом. Вследствие этого община лишилась возможности использования зданий на Старосадском переулке.

Церковный совет приложил все усилия к тому, чтобы духовная жизнь не нарушилась, и на Пасху 2011 г. состоялось первое богослужение общины свв.Петра и Павла, как автономной религиозной организации. Практически сразу был установлен контакт с Евангелическо-Лютеранской Церковью Ингрии на территории России, которая в декабре 2011 г. согласилась принять общину под своё духовное попечение. Постановлением Синодального совета ЕЛЦИ от 29 мая 2015 г. был утверждён Устав общины, а пастор Д.Лотов утверждён в качестве настоятеля. Таким образом, процесс вхождения общины в ЕЛЦИ завершился.

Нахождение в составе консервативной Церкви позволило общине установить контакты с SELK (Самостоятельной ЕЛЦ Германии) и Сибирской ЕЛЦ, каковые успешно развиваются. Партнёром общины является приход г.Пилтене (Латвия). Кроме того, сохраняются контакты с общинами в Словакии и Польше.

Основной задачей общины в настоящее время является сбор средств на покупку постоянного помещения для совершения богослужений и иной духовной деятельности. Мы пребываем в уверенности, что Господь, неоднократно являвший нам Свою милость, и впредь не оставит нас Своим попечением.