Орган, установленный напротив алтарной части собора, построен в 1898 г. предприятием Вильгельма Зауэра - одной из крупнейших органостроительных фирм Германии. Изначально инструмент был установлен в московской лютеранской церкви святого Михаила. После её закрытия в 1928 году перенесен в Донской монастырь, где нес на себе печальную миссию в зале крематория до 1972 года. В 1996 году постановлением Правительства Москвы орган передан приходу свв.Петра и Павла. Демонтаж и перевозку в здание собора осуществили пастор Дмитрий Лотов и мастер Владислав Иодис.

В конце 2005 – начале 2006 г. капитальный ремонт органа осуществил мастер Райнхардт Хюфкен из Хальберштадта (Германия), имеющий большой опыт в восстановлении романтических инструментов. Были обновлены все кожаные детали, реставрированы кафедра, поломанные трубы. Кроме того, орган получил новый вентилятор. При этом была сохранена и отреставрирована историческая воздухонагнетательная система, позволяющая пользоваться органом без электричества.

В настоящее время орган звучит как во время богослужений, так и на концертах. Уникальная акустика собора позволяет в полной мере насладиться звучанием одного из немногих сохранившихся в России органов девятнадцатого столетия.

Диспозиция органа W.Sauer, op.755, 1898

I Manual			II Manual
Bordun	16’		L.Gedackt	16’
Principal	8’		G.Principal	8’
Gamba	8’		Consertfloete	8’
Floete	8’		Quintatoen	8’
Gedackt	8’		Dolce	8’
Viola d’amour	8’		Gemshorn	4’
Octave	4’		Traversfloete	4’
Rohrfloete	4’		Mixtur	4f
Cornett	3-5f		Clarinette	8’
Trompete	8’
III Manual			Pedal
Quintatoen	16’		Violon	16’
Spitzfloete	8’		Subbass	16’
L.Gedackt	8’		Gedacktbass	16’
Salizional	8’		Octave	8’
Aeoline	8’		Violoncelle	8’
Voix-céleste	8’		Floete	4’
Flauto dolce	4’		Posaune	16’

Coppeln: III/P, II/P, I/P, III/II, III/I, II/I

Collectivzugen: p, mf, f, Tutti

Spielhilfen: Rohrwerk ab., HR ab., Walze ab., 2 FK

Schweller III, Walze

Орган имеет 3 мануала, педаль, пневматическую игровую и регистровую трактуры, виндлады системы кегельладе.